Jugó 18 partidos y solo sumó 14 puntos. Terminó descendiendo.
La tabla del descenso de 2013 comenzó con Deportes Quindío en el puesto 13 con 87 puntos, mejor posicionado que Patriotas, posición 14 con 86 unidades; Medellín, en la casilla 15, con 80 puntos; Fortaleza, puesto 16, con 80 puntos; Huila, lugar 17, con 80 unidades; y Cúcuta, en el lugar 18 con 76 puntos. Sin embargo, al final del año, fue el de más bajo rendimiento, firmando la peor campaña de su historia, y cayó a la B.
El equipo salió a caminar la cancha en un semestre en el que, por el contrario, tenía que luchar cada balón como si fuera el último, pues estaba en juego su permanencia en la A. Pero por algo se ha dicho que la decisión estaba tomada, pues es por lo menos sospechoso que un club con tal necesidad mostrara tal desidia.
No era poco lo que se arriesgaba, su lugar en primera, donde debe estar el equipo, que no se olvide, es uno de los fundadores de la Dimayor, no un invitado ni un aparecido, un histórico de verdad.
Eduardo Cruz, Arturo Boyacá y César Torres fueron los directores técnicos del equipo en dicha temporada y ninguno de ellos pudo capitanear el barco de la manera adecuada para salvarlo del inminente hundimiento. Fue tan pobre la campaña que el onceno estuvo durante 11 meses sin conocer una victoria en condición de local, dato que parece increíble pero que hace parte de la realidad. El respiro llegó ante el Once Caldas en la novena fecha, el sábado 14 de septiembre.
Después derrotó a Deportes Tolima en el Centenario (1-0, fecha 12) y a La Equidad (1-0, fecha 14). Desde ese momento, de 4 juegos que disputó en el ‘Jardín de América’ ganó 3 y solo perdió 1, eso sí, de manera estrepitosa, 0-5 ante el Cali en la fecha 10.
Pero la ilusión de una nueva alza se desvaneció. Luego vinieron las derrotas 1-0 ante Medellín en la jornada 15, 1-2 frente a Envigado en la 16 y 3-0 ante Once Caldas en la 17. Esta mala racha se sumó al repunte del Cúcuta que reaccionó, sumó 7 puntos y quedó uno por arriba de los quindianos, lo que le permitió llegar mejor acomodado a la fecha de cierre.

El volante Jorge Vargas fue uno de los creativos del Quindío en la temporada 2013.
El periodista Leonardo Duque lo describió así en Futbolred: “La angustia, que este sábado por momentos fue ilusión debido al 2-1 parcial que conseguía Quindío sobre Chicó, terminó en llanto y tristeza por parte de los hinchas y jugadores ‘cuyabros’ con el triunfo de Cúcuta Deportivo en Medellín. Así, con esos desenlaces que siempre muestran la cara de la derrota en un lugar, esta vez Armenia, y la cara de la victoria en otro, Medellín, se selló el descenso del Deportes Quindío. El conjunto de Armenia fue tan mal manejado como Cúcuta Deportivo en la parte económica, pero sufrió más por los resultados finales”.
Y agregó: “Como detalle final, este descenso del Quindío será recordado por aquel hecho sucedido en la segunda fecha de la Liga II-2013, en el partido contra Cúcuta Deportivo. Unos 20 hinchas del equipo ‘cuyabro’ ingresaron a la cancha del estadio Centenario para agredir a los jugadores locales, lo que llevó a que el conjunto ‘motilón’ demandara, ganara en el escritorio y se quedara con los tres puntos, pese a que el juego finalizó 0-0. Este episodio, 16 jornadas después, terminó desequilibrando la balanza a favor del Cúcuta, que jugará la promoción, mientras Quindío alcanzó su segundo descenso”. Duque no pudo ser más preciso.
Luego de disputar las 18 fechas de la fase de todos contra todos, Quindío se convirtió en el club que descendió a la segunda categoría del fútbol profesional colombiano.
La escuadra con sede en Armenia descendió de manera directa, al acumular 114 puntos durante los 3 últimos años y un promedio de 1.055. Por su parte, Cúcuta Deportivo jugó la promoción, tras quedar penúltimo en la tabla del descenso con 115 unidades sumadas durante 2011, 2012 y 2013 y un promedio de 1.064. Su rival fue el subcampeón de la B, Fortaleza, que terminó imponiéndose 2-1 en el global.
La seguidilla de malos resultados hizo que el onceno cayera a la B. En 2021 logró su regreso a la A, pero solo 4 meses más tarde volvió a descender, pues no pudo reponerse y escalar en la tabla del descenso. Aún permanece en dicha categoría, ahora bajo el mando del profesor Óscar Héctor Quintabani, que ya clasificó al equipo a los cuadrangulares semifinales del actual torneo y que espera conducirlo hacia el título, lo que le permitiría dar un paso hacia su gran objetivo, su regreso a la A, su casa natural, en la que incluso se impuso en el calendario 1956, coronándose campeón.
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